Sie wollte mal Trapezkünstlerin oder Schriftstellerin werden, entschied sich aber für den Beruf der Schauspielerin. Nach gemeinsamen Regie- und Drehbucharbeiten mit Volker Schlöndorff wurde Margarethe von Trotta renommierte Regisseurin von Filmen, die eine „weibliche Form der Ästhetik“ (Tagebuchaufzeichnung) zu transportieren versuchen, was in den 70er und 80er Jahren auf die vereinfachende Formel Frauenfilme reduziert wurde. In der Generation der Kolleginnen Helke Sander, Helma Sanders-Brahms, Ulrike Ottinger, Ula Stöckl und Jeanine Meerapfel ist von Trotta die erfolgreichste und bekannteste. Sie inszeniert für Film und Fernsehen, wurde häufiger ausgezeichnet als andere deutsche Regisseurinnen und konnte in ihrer zweiten Heimat Italien Triumphe mit Filmen wie „Die bleierne Zeit“ (Goldener Löwe Venedig 1981, der am meisten prämierte deutsche Film) und „Rosenstraße“ (Coppa Volpi für Katja Riemann als beste Darstellerin 2003) feiern.
Von Trottas Arbeiten seit „Das zweite Erwachen der Christa Klages“ (1977) sind Autorenfilme und kreisen ausnahmslos um einen Kosmos kämpferischer, grüblerischer, emanzipierter, sich zu femininem Bewusstsein aufschwingender Frauen, um ihre Gefühle, Bedürfnisse, Ängste, Wünsche, Träume, Hoffnungen, privaten und politischen Utopien und Wahnwelten. Ihre Protagonistinnen entstammen der historischen Realität („Rosa Luxemburg“, „Rosenstraße“), sind an zeitgeschichtliche Vorbilder angelehnt (die Ensslin-Schwestern in „Die bleierne Zeit“), sie leben in Isolation (die Richterin in „Zeit des Zorns“) und in bürgerlichen Verhältnissen, die die Regisseurin als patriarchalische Unterdrückungsstrukturen analysiert („Heller Wahn“). Dem setzt sie feminine Solidarität („Schwestern oder die Balance des Glücks“, „Zeit der Rückkehr“, „Fürchten und Lieben“) und die Stärke von Frauen entgegen, die ihr Leben ändern und aus als normal definierten Verhältnissen ausbrechen. Unter von Trottas Regie gelangen Schauspielerinnen wie Katharina Thalbach („Christa Klages“), Jutta Lampe („Schwestern“, „Die bleierne Zeit“), Barbara Sukowa ( „Die bleierne Zeit“, „Rosa Luxemburg“), Katja Riemann („Rosenstraße“), Hanna Schygulla („Heller Wahn“), Meret Becker und Corinna Harfouch („Das Versprechen“) und Suzanne von Borsody („Dunkle Tage“, „Jahrestage“) einige ihrer besten Leistungen.
Auffallend ist, wie selten Humor in von Trottas Filmen eine Rolle spielt, handlungstragend nur in der TV-Arbeit „Mit 50 küssen Männer anders“ (mit Senta Berger). Formal sind von Trottas Filme Stilisierungen von Seelenvorgängen, im Kino der Innerlichkeit bemerkenswerte Balanceakte zwischen konkreten Geschichten und Gefühlsstudien zu Rollenwechseln und dem aus der Zeit der Romantik stammenden Thema der Doppelgängerin.
Von Trotta wurde 1942 in Berlin geboren, studierte Germanistik und Romanistik in München und Paris, trat in Theatern in Dinkelsbühl, Stuttgart und Frankfurt am Main auf und war begehrte Schauspielerin in Filmen von Rainer Werner Fassbinder („Warnung vor einer heiligen Nutte“, „Götter der Pest“) und Herbert Achternbusch („Das Andechser Gefühl“). Sie war von „Baal“ bis zu „Der Fangschuss“ an den Drehbüchern ihres damaligen Ehemannes Volker Schlöndorff beteiligt und führte die Co-Regie bei „Die verlorene Ehre der Katharina Blum“, einer Heinrich-Böll-Romanverfilmung.
Ein erstaunlich unsentimentales Melodram gelang ihr 2006 mit dem Kinofilm „Ich bin die Andere“. Katja Riemann spielt darin eine Frau, die sich von ihrem psychopatischen Vater nicht lösen kann und verzweifelt drei Weiblichkeitsrollen spielt: Geschäftsfrau, Nymphomanin und liebe Tochter. Trottas Inszenierung wirkt modellhaft, unterstützt mit viel Farbsymbolik. Ihr Blick gilt alltäglichen Abhängigkeiten, die ins Destruktive rutschen. Nach dem Tatort: „Unter Uns“ konzentrierte sie sich ganz ihrem Projekt „Vision – Aus dem Leben der Hildegard von Bingen“, in dem die berühmte Nonne von Barbara Sukowa gespielt wird.